El Colegio PENIEL fue ideado y fundado por el señor Miguel Quijano en el año 1967 con dos niveles de Preescolar y Educación Básica Primaria (1° a 5°) según Licencia de funcionamiento No. 286 del 26 de mayo de 1967, como una opción para que los practicantes de la fe cristiana, pudieran estudiar en una institución académica que proveyera a sus educandos, de los conocimientos académicos previstos por el Ministerio de Educación Nacional para los grados de educación Básica y además recibieran
orientación personal en la fe cristiana, los valores el respeto mutuo y el temor de Dios,
para lograr un desarrollo integral de la mente, el cuerpo y el espíritu, filosofía que guíe esta institución. En 1971 obtuvo aprobación de estudios según resolución No. 3184 del 8 de julio. En 1979 el colegio fue vendido a la Asociación Colombiana de Iglesias Cristianas hoy Iglesia Cristiana de Restauración I.C.R., dirigida por el Pastor Juan De Dios Pinzón, quien era representante legal de la comunidad cristiana y desde entonces director administrativo del Colegio PENIEL.

En el año 1987 recibe aprobación oficial hasta nueva visita para los niveles de Preescolar y los grados 1° a 5°, de educación Básica Primaria según Resolución No. 189 del 6 de enero de 1988, bajo la dirección de la Licenciada Mary Luz Posada. Actualmente el Colegio tiene 61 años de antigüedad y funcionó inicialmente en el barrio el Porvenir, luego se trasladó al Barrio San Benito en donde funcionó algunos años. Desde el año 1989 se trasladó a la dirección Calle 25C No. 21-30 barrio el retiro donde funciona hasta la fecha.

En el año 1997 se inicia el nivel de Educación Básica Secundaria con el grado sexto (6°) ampliándose cada año un grado, hasta llegar en el año 2000 al grado 9°, fecha en la cual recibe su aprobación oficial para los niveles de Educación Preescolar (Pre-jardín, Jardín y Transición), Educación Básica Primaria en los grados 1° a 5°, los grados 6°, 7°, 8° y 9°, del ciclo de Secundaria del Nivel de Educación Básica, jornada única de carácter mixto, naturaleza privada, calendario A, de propiedad de la Iglesia Cristiana de
Restauración I.C.R., antes asociación Colombiana de Iglesia Cristiana, según Resolución No. 797 del 6 de septiembre del 2000, Con el grupo que llegó a 9° se debe iniciar décimo para poder obtener la resolución que permita graduar bachilleres y es así como en el 2002, el colegio gradúa a solo 2 estudiantes, pues sus padres confiaron en que el colegio podrá dar una educación de calidad a sus hijas. 

En el año 2023, se graduó el grupo más grande en la historia del colegio con 29 estudiantes y es la promocion numero 22 en la historia del colegio, el cual hace 5 años dirige como rectora la Ingeniera y especialista Jenny Vanessa Ramirez Pinzon, nieta del pastor Juan Pinzón y quien se ha preparado para asumir la rectoría del colegio, ella acompañada de su hermana Gina Paola Ramirez, quien se desempeña como secretaria y administradora, desde su juventud con una interrupción en la cual vivió en Estados Unidos para poder mejorar el aprendizaje del inglés. 

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